Wenn Ihr ein Programm generell zur Verfügung haben wollt (so wie unter Windows\System32) also nur den Programmnamen eingeben wollt, und nicht jedesmal das komplette Verzeichnis, müsst Ihr eine Verknüpfung des Programms im Ordner /usr/local/bin anlegen.
Ein Beispiel anhand des Programms "muCommander":
ln -s /opt/muCommander/mucommander.sh /usr/local/bin/mucommander
Nun könnt ihr mit "Alt+F2" und der Eingabe des Programmnamens die entsprechende Anwendung starten.